中國歷代政府在臺灣先后建立了行政機構，行使管轄權。早在公元12世紀中葉，宋朝政府即已派兵駐守澎湖，將澎湖地區劃歸福建泉州晉江縣管轄。元朝政府在澎湖設置行政管理機構“巡檢司”。明朝政府于16世紀中后期，恢復了一度廢止的“巡檢司”，并為防御外敵侵犯，增兵澎湖。1662年(清康熙元年)，鄭成功在臺灣設“承天府”。清朝政府逐步在臺灣擴增行政機構，加強了對臺灣的治理。1684年(清康熙二十三年)設“分巡臺廈兵備道”及“臺灣府”，隸屬福建省管轄。1714年(清康熙五十三年)，清政府派員測繪臺灣地圖，勘丈全境里數。1721年(清康熙六十年)，增設“巡視臺灣監察御史”，改“分巡臺廈兵備道”為“分巡臺廈道”。爾后又增設“彰化縣”和“淡水廳”。1727年(清雍正五年)，復改“分巡臺廈道”為“分巡臺灣道”(后又改為“分巡臺灣兵備道”)，增“澎湖廳”，定“臺灣”為官方統一的名稱。1875年(清光緒元年)，清政府為進一步經營和治理臺灣，再增設“臺北府”及“淡水”、“新竹”、“宜蘭”3縣和“基隆廳”。1885年(清光緒十一年)，清政府正式劃臺灣為單一行省，任劉銘傳為首任巡撫，行政區擴為3府1州，領11縣5廳。劉在任內，鋪鐵路，開礦山，架電線，造商輪，興辦企業，創設新學堂，把臺灣社會經濟文化的發展大大向前推進。

　　1945年中國人民抗日戰爭勝利后，中國政府重新恢復了臺灣省的行政管理機構。海峽兩岸中國人為反對外國侵占臺灣進行了長期不懈的斗爭。15世紀后期起，西方殖民主義者大肆掠奪殖民地。1624年(明天啟四年)，荷蘭殖民者侵占臺灣南部。1626年(明天啟六年)，西班牙殖民者入侵臺灣北部。1642年(明崇禎十五年)，荷蘭又取代西班牙北部。兩岸同胞為反對外國殖民者侵占臺灣進行了包括武裝起義在內的各種方式的斗爭。1661年(清順治18年)，鄭成功率眾進軍臺灣，于次年驅逐了盤踞臺灣的荷蘭殖民者。

　　1894年，日本發動侵略中國的“甲午戰爭”。翌年，清政府戰敗，在日本威迫下簽訂喪權辱國的《馬關條約》，割讓臺灣。消息傳來，舉國同憤。在北京會試的包括臺灣在內的18省千余舉人“公車上書”，反對割臺。臺灣全省“哭聲震天”，鳴鑼罷市。協理臺灣軍務的清軍將領劉永福等和臺灣同胞一起，與的日軍拚死搏斗。中國大陸東南各地居民為支援這一斗爭，或捐輸餉銀，或結隊赴臺，反抗日本侵略。在日本侵占臺灣期間，臺灣同胞一直堅持英勇不屈的斗爭。初期，他們組織義軍，進行武裝游擊抵抗，前后達7年之久。繼而，在辛亥革命推翻清政府后，他們又匯同大陸同胞一道，先后發起十余次武裝起義。及至本世紀20和30年代，島內反抗日本殖民統治的群眾運動更加波瀾壯闊，席卷臺灣南北。